Evropská komise upozornila Českou republiku, že jmenování EKO-KOM jako jediné společnosti oprávněné ke sběru a recyklaci obalového odpadu může být v rozporu s pravidly EU. EKO-KOM je od roku 2002 jediným operátorem s povolením a žádná jiná společnost nedokázala získat toto povolení. Komise se domnívá, že český zákon o obalech a jeho vymáhání vytvořily překážky pro konkurenty, například přísné podmínky pro povolení a vliv EKO-KOM na schvalovací proces. Tato opatření vedla k nerovným podmínkám a konfliktu zájmů, čímž EKO-KOM fakticky získal monopolní postavení, což brání účinné soutěži. Komise zaslala České republice formální upozornění a pokud se její obavy potvrdí, může dojít k porušení článků 106 a 102 Smlouvy o fungování Evropské unie. Vyšetřování bylo zahájeno po stížnosti české společnosti REMA AOS, která se neúspěšně pokusila vstoupit na trh.